Các câu lạc bộ bốc thăm từng cặp thi đấu theo thể thức loại trực tiếp một trận và haitrận. Cụ thể:

• Vòng Loại và vòng 1/8:

Các câu lạc bộ thi đấu theo thể thức loại trực tiếp 1 trận. Nếu sau 90 phút thi đấu chính thức, tỷ số hoà, sẽ thi đấu luân lưu 11m để xác định câu lạc bộ thắng.

• Vòng Tứ kết, Bán kết:

Thi đấu theo thể thức loại trực tiếp 2 trận (Lượt đi - Lượt về trên sân nhà - sân đối phương). Sau khi kết thúc 90 phút thi đấu chính thức của trận đấu Lượt về, tính kết quả theo thứ tự:+ Tổng số bàn thắng sau 2 trận;+ Số bàn thắng trên sân đối phương.Đội có chỉ số cao hơn là đội thắng.Trường hợp các chỉ số trên đều lần lượt bằng nhau, hai đội sẽ thi đấu luân lưu 11m để xác định đội thắng cuộc.

• Trận chung kết:

Vòng Chung kết của Giải Bóng đá Cúp Quốc gia – Sư Tử Trắng 2018 sẽ được điều chỉnh, thi đấu theo thể thức loại trực tiếp 01 trận (thay vì loại trực tiếp 2 trận Lượt đi - Lượt về như Điều lệ Giải đã quy định). Nếu sau 90 phút thi đấu chính thức, tỷ số trận đấu vẫn hòa, hai đội sẽ thi đấu luân lưu 11m để xác định đội thắng.[5]

• Hai câu lạc bộ thắng vòng Bán kết được thi đấu vòng Chung kết; hai câu lạc bộ thua vòng Bán kết cùng đoạt giải Ba.[6]